一般食品中的微生物污染主要由原料自带、环境污染、生产过程不卫生、从业人员不注意个人卫生、储运条件不达标等，应该针对各种情况进行控制。
1.首先要注意原材料的选择与处理，减少微生物的来源。
2.食品工厂应建在远离重工业区，周围不应有农药厂、化肥工厂、垃圾场、粪场、污水坑及大医院等。以免受到废水、废气、废渣和病原微生物及其它污染物的污染，对食品加工厂本身的污染物也必须进行无害化处理。
3.食品生产的场所，应符合卫生要求，易于清洗消毒，空间可采用空气过滤器，造成洁净的生产环境;保持生产车间四周墙壁、天花板和地面等六面清洁，生产设备应该经常清洗消毒，以减少微生物孳生的场所;严格执行各项生产卫生制度。生产中应注意简化工艺，缩短生产流程，做到生产自动化、密闭化和连续化，尽量减少食品在空间暴露的时间，做到不接触或少接触人手和其他未经消毒的物品，这是降低微生物污染食品，提高食品质量的有效措施;加强用水的管理和处理。
4.食品从业人员必须身体健康，并经常对从业人员进行有针对性的体检，以便及时排除患者及病原菌携带者对消费者健康的威胁。从业人员应勤理发、剪指甲、洗手、洗澡，保持个人卫生;工作衣帽、口罩等要经常清洗，保持清洁，特别是操作前双手的清洗和消毒更为重要。
5.应该严格按照相关标准储运食物，防止霉变。
今天小编对食品微生物的预防措施进行了简单的介绍，对于什么是食品微生物污染以及其他食品污染小知识还请了解更多佰佰安全网上的食品安全知识，希望对您有所帮助。
( 责任编辑: 孙殿伟 )
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